Lirboyo dikenal dengan sistem pengajarannya yang berbasis kitab kuning melalui metode bandongan dan sorogan, yang sudah digunakan sejak masa klasik.

Tradisi ini memungkinkan santri memahami langsung teks-teks keagamaan berbahasa Arab klasik di bawah bimbingan kiai.

Selain pendidikan nonformal, pesantren ini juga memiliki sejumlah lembaga pendidikan formal seperti:

• Madrasah Hidayatul Mubtadi’in, sebagai pendidikan dasar keagamaan.
• Ma’had Aly Lirboyo, lembaga pendidikan tinggi setara perguruan tinggi keislaman.
• Lembaga Pendidikan Kader Ulama (LPKU), yang fokus menyiapkan santri menjadi ulama dan pendakwah di masyarakat.

Dengan sistem yang terstruktur, Lirboyo menjadi pusat kaderisasi ulama yang berpengaruh.

Banyak alumninya kini menjadi pengasuh pesantren, guru besar, dan tokoh ormas Islam seperti Nahdlatul Ulama (NU).

Menjaga Tradisi di Era Modern

Meski berakar kuat pada nilai-nilai klasik, Lirboyo tak menutup diri terhadap perkembangan zaman.

Sejumlah inovasi dilakukan, seperti digitalisasi administrasi pesantren, pengelolaan media informasi berbasis daring, serta kegiatan sosial dan dakwah digital yang melibatkan para santri muda.

Namun, prinsip dasar Lirboyo tetap sama: menjaga kemurnian ilmu dan adab sebagai pondasi utama pendidikan Islam.